Hiện nay Trường có 5 phân khoa đại học:

• Phân khoa Nhân vănLúc đầu chỉ có các môn triết học và ngôn ngữ. Sau đó thêm các môn phương ngữ, lịch sử, ngữ văn, ngôn ngữ học và văn hóa Jutland. Năm 2005 phân khoa này có 6.877 sinh viên (trong đó 1.242 sinh viên mới) với 209 giáo sư, phó giáo sư, giảng viên cùng 330 nhân viên phụ tá các loại. Hiện phân khoa này có 7 ban:
  • Mỹ học
  • Nhân loại học, Khảo cổ, Ngữ học
  • Lịch sử
  • Thông tin và Thông tin đại chúng
  • Ngôn ngữ, Văn hóa, Văn học
  • Triết học, Lịch sử tư tưởng
  • Scandinavia học
• Phân khoa Y họcCác giáo trình Y học bắt đầu từ năm 1933. Năm 1953 trường cấp bằng tiến sĩ đầu tiên. Năm 1992 trường Nha khoa Aarhus sáp nhập vào phân khoa này. Năm 1997 giáo sư Jens Christian Skou được giải Nobel dành cho Sinh lý và Y học về công trình phát hiện bơm natri-kali. Năm 2005 phân khoa này có 3.025 sinh viên (trong đó 505 sinh viên mới) với 211 giáo sư, phó giáo sư, giảng viên cùng 823 nhân viên phụ tá các loại. Hiện phân khoa này có 10 ban:
  • Giải phẫu học
  • Lâm sàng
  • Pháp y
  • Di truyền học
  • Hóa sinh
  • Vi sinh vật và Miễn dịch học
  • Dược học
  • Sinh lý học và Lý sinh học (Biophysics)
  • Y tế cộng đồng
  • Nha khoa
• Phân khoa Khoa học xã hộiThành lập năm 1936 dưới tên Phân khoa Kinh tế và Luật học. Năm 1958 có giáo trình khoa học chính trị (đầu tiên của Đan Mach). Năm 1968 - sau khi thêm môn tâm lý học - phân khoa này đổi tên thành Phân khoa Khoa học xã hội. Năm 2005, có 5.577 sinh viên (trong đó 1.030 sinh viên mới) với 140 giáo sư, phó giáo sư, giảng viên cùng 293 nhân viên phụ tá. Hiện phân khoa này có 4 ban:
  • Khoa học chính trị
  • Tâm lý học
  • Kinh tế và Quản trị
  • Luật học
• Phân khoa Thần họcPhân khoa này có rất sớm. Lúc đầu phân khoa chưa được phép tổ chức thi. Các thí sinh phải sang thi ở Đại học Copenhagen. Năm 1938 phân khoa mới đủ khả năng tổ chức các kỳ thi. Năm 1947 phân khoa này cấp bằng tiến sĩ đầu tiên. Năm 2005 phân khoa có 989 sinh viên (trong đó 132 sinh viên mới) với 37 giáo sư, phó giáo sư, giảng viên cùng 43 nhân viên phụ tá. Hiện Phân khoa này có 4 ban:
  • Kinh Thánh
  • Lịch sử Giáo hội
  • Thần học hệ thống + Thần học thực hành
  • Tôn giáo
• Phân khoa Khoa học tự nhiênPhân khoa này là phân khoa mới nhất, được hình thành năm 1954 với các môn vật lý, hóa học và toán học. Năm 2005 phân khoa có 3.509 sinh viên (trong đó 678 sinh viên mới) với 284 giáo sư, phó giáo sư, giảng viên cùng 758 nhân viên phụ tá. Hiện Phân khoa có 7 ban và 1 viện:
  • Sinh học
  • Hóa học
  • Khoa học máy tính
  • Khoa học trái đất
  • Toán học
  • Sinh học phân tử
  • Vật lý + Thiên văn học
  • Viện Niels Stensen

Số các môn học của từng phân khoa được in trong tập sách mỏng The University of Aarhus, Denmark (2006)[4].

Ngoài ra, từ năm 2007 trường đã hợp nhất với:

• Trường Cao đẳng thương mại Aarhus (lập năm 1939)
• Viện Quốc gia nghiên cứu môi trường
• Viện nghiên cứu nông nghiệp (trở thành Phân khoa Khoa học nông nghiệp)